菌種鑒定手段包括形態學觀察、生理生化特性鑒定、 BIOLOG碳源自動分析鑒定、分子生物學鑒定、API細菌數值鑒定、功能性分析及功能基因、RAPD、SSCP、TLC薄層層析、全細胞脂肪酸分析鑒定、（G＋C）mol％測定、DNA/DNA同源性測定等。

健明迪檢測根據《中國藥典》2015年版，大多數非無菌藥品生產過程和部分無菌生產環境的風險評估中，對所檢出微生物需要進行常規特征分析，即可滿足要求。菌種鑒定需要極其縝密的分析儀器及豐富的檢測經驗，以下是健明迪檢測結合豐富的菌種鑒定經驗總結出的菌種鑒定部分相關內容。

健明迪檢測常用通過DNA測序對微生物進行物種鑒定（菌種鑒定）是比傳統生化鑒定更先進的鑒定方法。DNA測序不依賴菌種本身特點，對所有菌種均可使用，比傳統生化鑒定更加快速、準確。

細菌、放線菌、酵母、霉菌、大型絲狀真菌、乳桿菌、雙歧桿菌、腸球菌、芽孢桿菌等
微生物物種鑒定服務包括：細菌16s rDNA鑒定和真菌26s rDNA鑒定、真菌ITS和真菌18s鑒定